DNA-tests hebben uitgewezen dat de olifanten die leven op het deels Maleisische, deels Indonesische eiland Boneo, een inheemse en genetisch verschillende ondersoort van de Aziatische olifant zijn. Zij hebben andere eigenschappen dan hun soortgenoten in de rest van Azië en Sumatra. Het behoud van deze ondersoort, die luistert naar de naam Borneo pygmee-olifant, moet dan ook apart aangepakt worden. De dieren moeten gescheiden blijven van andere Aziatische soorten.

Er werd eerder al vastgesteld dat de olifanten op Borneo niet helemaal hetzelfde waren als de andere Aziatische olifanten. "Om te beginnen zijn ze de olifanten op Borneo tammer en zachtaardiger dan andere Aziatische olifanten, en bovendien zijn ze kleiner". verduidelijkt Tengku Zainal Adlin, voorzitter van WWF-Maleisië.

Er was al lang een debat gaande over de oorsprong van de olifanten op Borneo, en met name over het feit of de dieren inheems dan wel geïntroduceerd zouden zijn. Volgens één theorie zouden ze afstammen van tamme olifanten die in de 17de eeuw door de Britse Oost-Indische Compagnie aan de sultan van Sulu werden geschonken. Een andere theorie luidde dat het om inheemse olifanten ging die er vanuit Sumatra terechtkwamen via een drassige landbrug, toen het zeepeil lager was (tijdens een ijstijd meer dan 10.000 jaar geleden). Nadien geraakten de dieren niet meer weg van het eiland omdat het zeewater weer steeg en het eiland niet langer met Sumatra verbonden was.

De vastgestelde verschillen enerzijds en het lopende debat anderzijds brachten experten ertoe te onderzoeken of het nu werkelijk om een genetisch verschillende ondersoort ging. Na een goedkeuring door het Sabah Wildlife Department, verzamelde WWF via zijn Neushoorn- en Olifantenprogrammma AREAS en met de medewrking van S.O.S. Rhino olifantenmest in verschillende delen van Sabah om DNA-onderzoek te verrichten op de cellen van ingewanden die te vinden zijn in het slijm van verse mest. Deze techniek om genetisch materiaal te verkrijgen is het minst storend voor de dieren, die niet gevangen moeten worden.

Uit het DNA-onderzoek bleek de olifanten op Borneo zo'n 300.000 jaar geleden geïsoleerd geraakten van hun soortgenoten in de rest van Azië en Sumatra. Sindsdien werden de dieren kleiner met relatief grotere oren, een langere staart en vrij rechte slagtanden. De evolutiegeschiedenis van deze dieren rechtvaardigt hun erkenning als een aparte evolutionair significante unit (ESU). De analyse ontkracht eveneens het argument dat deze olifanten tijdens de 17de eeuw in het gebied zouden zijn geïntroduceerd.

De olifantenpopulatie van Borneo is, omwille van zijn genetische onderscheid, prioritair wat betreft behoudsmaatregelen. Zo moeten de dieren gescheiden blijven van andere Aziatische olifanten, en mogen ze hier niet mee gekruist worden in bv. kweekprogramma's buiten hun habitat. Er is ook bijkomend onderzoek nodig naar hun voortplantingssnelheid, de sterfte bij jonge olifanten en andere indicatoren van de eventuele schadelijke effecten van inteelt.